El SFF Guanenta Alto Rio Fonce reviste gran importancia a nivel nacional, ya que cuenta con los relictos de bosques de roble (Quercus humboldtii) más grandes que existen en el País. Por otra parte, los conocedores del ecosistema páramo en Colombia mencionan que en el páramo de la Rusia se encuentra el área de Polylepis quadrijuga (coloradito) tal vez más extensa del país; adicionalmente se sabe que al interior del Santuario se encuentran 13 especies de frailejones, algunos de ellos endémicos y en general en el páramo de la Rusia se habla de cerca de 22 especies, lo que convierte la zona en un centro de especiación para esta especie bandera del ecosistema paramuno; también hacen presencia un número importante de especies de fauna con especial importancia de los anfibios por la descripción de nuevas especies; la belleza escénica de las lagunas de Cachalú y Agua Clara, constituyen un escenario potencial para el desarrollo de actividades lúdicas y educativas para la región; finalmente el recurso hídrico que se genera aporta un porcentaje importante para abastecer el río Fonce, el cual, se considera una fuente importante para el desarrollo del Departamento de Santander. Finalmente, el Santuario representa áreas que reafirman la soberanía local, lo que ha generado que algunos sectores del Santuario sean objeto de disputa entre los Municipios.